Положение дел в Афганистане стало предметом обсуждения лидеров России, Китая и государств Центральной Азии еще до формального создания Шанхайской организации сотрудничества. По мере разрешения вопросов пограничного характера в формате «Шанхайской пятерки» повестка дня встреч на высшем уровне постепенно изменялась в сторону расширения — от вопросов укрепления доверия в районе границы к широкому кругу проблем безопасности, экономического и культурного сотрудничества. Осознавая общность проблем в сфере региональной безопасности и благодаря общему стремлению совместно бороться с терроризмом и экстремизмом, на четвертом саммите «пятерки», проходившем в августе 1999 г. в Бишкеке, было поддержано российское предложение проводить регулярные встречи руководителей правоохранительных органов и спецслужб, министров обороны и иностранных дел. А в ноябре 2000 г. представители стран «пятерки» провели в Москве специальные консультации по положению в Афганистане. В формате «Шанхайской пятерки» велась работа над созданием «Конвенции о борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом».
15 июня 2001 г. на саммите в Шанхае к «пятерке» присоединился Узбекистан, была принята декларация о создании новой международной организации — Шанхайской организации сотрудничества. ШОС была призвана стать фундаментом многостороннего взаимодействия в условиях меняющегося мира. Помимо этого, участниками встречи была утверждена «Конвенция о борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом». Конвенция содержит согласованные определения таких терминов, как «терроризм», «сепаратизм» и «экстремизм», что крайне важно, т. к. отсутствие согласия в определениях часто является одной из причин невозможности международного сотрудничества в борьбе с этими явлениями. Шанхайская Конвенция о борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом стала одной из первых в мире успешных попыток сформировать единое понимание новых нетрадиционных угроз, имеющее при этом международноправовое оформление. Таким образом, с созданием Шанхайской организации сотрудничества одним из основных направлений ее деятельности стало противодействие терроризму, экстремизму, сепаратизму и другим новым вызовам и угрозам региональной безопасности.