Родился Пантелеймон в небольшом городке Никодимия на берегу Мраморного моря неподалеку от Константинополя в семье тайной христианки и язычника. Мать мальчика стремилась вырастить сына с соблюдением всех православных традиций, проповедуя при этом принципы любви к ближнему и максимальную строгость к себе. Однако она очень рано ушла из жизни, и воспитанием мальчика занялся отец. Желая, чтобы сын постиг искусство врачевания, он отдал его на обучение к врачевателю Евфросину, который лечил самого императора. Молодой человек оказался талантливым учеником и успешно постигал премудрости врачевания, а слава о нем быстро распространилась за пределы маленького городка. К молодому человеку больные приходили сами, приводили родственников и приносили своих детей, и юноша никому никогда не отказывал в оказании помощи. Помимо врачебных навыков, молодой целитель отличался необычайной широтой души и умением глубоко сострадать боли других людей. Он регулярно посещал страждущих в темницах и щедро тратил наследство, которое оставил ему отец, на нужды других людей[2].
В это время в Никодимии тайно проживал старец Ермолай, который чудом уцелел после сожжения в Никодимийской церкви 20 тысяч христиан. Именно он стал крестным отцом юноши и дал ему при крещении имя Пантелеймон, что означает «всемилостивый», в то время как при рождении мальчик был наречен Пантолеоном, что означает «лев во всем». В этот период Пантелеймон впервые и проявил качества своего характера, которые соответствовали его имени: «во всем лев». Молодой человек сам попросил у старца совершить таинство крещения, поведав ему о том, что, решив испытать слово Божие, спас жизнь ребенку, которого смертельно укусила змея [1].
Пройдя обряд крещения, молодой врач получил дар исцеления молитвой, который он применял абсолютно на всех своих больных, независимо от того, бедным или богатым тот был и к какому сословию принадлежал. Пантелеймон никогда не брал денег за лечение, искренне полагая, что перед болью равны все, а тот, кто не имеет денег, обладает таким же правом на получение медицинской помощи, как и его более обеспеченные сотоварищи.