Свою научную деятельность В.К. Фролков начал после окончания Пятигорского государственного фармацевтического института в 1971 году в должности младшего научного сотрудника в экспериментальном отделе Пятигорского НИИ курортологии, где в 1983 году защитил кандидатскую диссертацию под руководством своего учителя и наставника Б.Г. Кузнецова. В 1988 году Валерий Константинович возглавил лабораторию обмена веществ, сконцентрировав свои научные интересы на изучении способности питьевых минеральных вод активизировать гормоны гастроэнтеропанкреатической системы, в частности, в раннюю фазу секреции инсулина. Это позволило раскрыть механизмы реализации терапевтической эффективности внутреннего приема минеральных вод при различных патологических состояниях. В 1994 году Валерий Константинович успешно защитил докторскую диссертацию на тему «Общепатологические аспекты нефармакологической коррекции гормональных механизмов пищеварительной системы». С 1999 по 2018 гг. В.К. Фролков работал в РНЦ восстановительной медицины и курортологии, возглавляя лабораторию, а затем отдел пищефармацевтической и фито- коррекции функционального состояния организма. В 2005 г. В.К. Фролкову присвоено ученое звание профессора по специальности «Восстановительная медицина». В 2015–2018 гг. Валерий Константинович являлся заместителем директора РНЦ МРиК по научной работе. В настоящее время В.К. Фролков работает ведущим специалистом группы профессорско-преподавательского состава научно-образовательного центра ФГБНУ «Российский научный центр хирургии имени академика Б.В. Петровского» Минобрнауки России.
Основная сфера научных интересов Валерий Константиновича — гормональная регуляция обмена углеводов и липидов при действии различных природных и физических факторов (питьевых минеральных вод, минеральных ванн, пелоидов, гипоксии, физических нагрузок). Он внес огромный научный вклад в решение проблемы энтероинсулярных гормональных взаимодействий, инсулиновой резистентности и нелекарственных методов их коррекции. Разработал оригинальные методы изучения секреции инсулина в эксперименте, принимал активное участие в создании новых патологических моделей гастро-дуоденальной патологии, предложил идею применения минеральных вод для первичной профилактики соматических заболеваний. Несколько лет своей научной деятельности он посвятил вопросам создания и биологического тестирования искусственных аналогов питьевых минеральных вод в виде быстрорастворимых таблеток, что было реализовано в виде технологического макета в Пятигорской государственной фармацевтической академии. Фролков В.К. является ведущим специалистом по проблеме изучения биологической эффективности питьевых минеральных вод и их искусственных аналогов, а также их применения для коррекции проявлений метаболического синдрома — ключевого звена патогенеза большинства заболеваний сердечно-сосудистой системы и обмена веществ. Серьезным увлечением Валерия Константиновича, имеющим прямое отношение к научной деятельности, являются медицинская статистика, создание компьютерных программ в этой области, а также общая теория систем и системный анализ.