Свою историю университет начал как негосударственное образовательное учреждение «Королёвская академия управления, экономики и социологии», образованное 16 июля 1998 г. Направленность вуза изначально не была технической, но уже тогда он начал готовить специалистов для управленческих и финансовых служб города.
Развитие г. Королёва как одного из крупнейших наукоградов России определяло всё дальнейшее развитие будущего университета. Уже в 2001 г. вуз был преобразован в муниципальное образовательное учреждение «Королёвский институт управления, экономики и социологии», а в 2005-м перешёл в ведение Московской области и получил статус государственного.
Важным этапом развития института стал 2011 г., когда он был признан прошедшим процедуру государственной аккредитации с установлением ещё более высокого статуса и переименованием в Финансово-технологическую академию. А в 2013 г. возможности вуза снова расширились, и в его состав вошли два старейших учреждения среднего профессионального образования — Колледж космического машиностроения и технологий и Техникум технологий и дизайна. Это положило начало формированию в вузе системы непрерывного профессионального образования и развитию технических направлений подготовки кадров.
В связи с этим была разработана новая концепция развития вуза с учётом потребности градо-образующих предприятий Королёва в инженерных кадрах. Приоритетной задачей стало расширение спектра технических специальностей. Были открыты новые направления подготовки, такие как «Проектирование, производство и эксплуатация ракет и ракетно-космических комплексов», «Конструкторско-технологическое обеспечение машиностроительных производств», «Прикладная математика и информатика», среди специальностей СПО акцент был сделан на направлении «Производство летательных аппаратов».
С этого времени вуз укрепляет сотрудничество с предприятиями и организациями Московской области, чтобы совместными усилиями обеспечить качественную теоретическую и практическую подготовку будущих специалистов. Самой результативной формой такого взаимодействия стало создание базовых кафедр, где студенты проходят практико-ориентированное обучение и уже во время учёбы знакомятся с реальной работой на производстве. На сегодняшний день открыто 14 базовых кафедр на таких ведущих предприятиях ОПК, как корпорация «Тактическое ракетное вооружение», НИИ космических систем им. А.А. Максимова, КБ химического машиностроения им. A.M. Исаева, ОАО «Композит», НПО измерительной техники, Главный научный метрологический центр при Министерстве обороны РФ и др.