На протяжении почти всего ХХ века 85–90 % мировых промышленных уловов осетровых рыб давали Каспийское и Азовское моря. Резкое сокращение добычи осетровых в конце ХХ века обычно связывается с политическими причинами — распадом СССР и неспособностью новых государств справиться с резким усилением браконьерства. На самом деле причины лежат значительно глубже. В процессе исчезновения популяций анадромных рыб выделяются следующие этапы:
1) нарушение нерестовых миграций вследствие гидростроительства и сокращение уловов;
2) начало заводского воспроизводства и временное увеличение численности, одновременно запускаются процессы по сокращению генетического разнообразия и увеличению инбредности, т.е. происходит рост фактической численности популяции при сокращении ее «эффективного размера»;
3) изменения экосистемы водоема вследствие воздействия антропогенных факторов при неспособности сократившейся по генетическому разнообразию популяции адаптироваться к новым условиям;
4) резкое уменьшение (до полного исчезновения) числа нерестовых мигрантов, что вынуждает рыбоводов использовать внешние источники генетического материала — популяции других рек или поддерживаемые в искусственных условиях ремонтно-маточные стада (РМС) [10, 23, 25].
С подобными проблемами столкнулись США и Канада, также пытавшиеся сохранить запасы анадромных рыб методами искусственного разведения [24, 43].
Азовское море перешло в XXI веке на последний этап исчезновения осетровых, заход зрелых производителей в реки на нерест полностью прекратился. Общая численность русского осетра Acipenser gueldenstaedti в Азовском море, по данным траловой съемки, в 2010 г. не превышала 90 тыс. экз., из которых 90% составляли особи до 4 лет. Севрюга A. stellatus также была представлена младшими возрастными категориями, а ее общее количество составило менее 20 тыс. экз., которые придерживались в основном Азово-Кубанского района. Очень велико браконьерство [53]. Рыбоводные заводы работают исключительно с производителями из РМС, при этом почти не выпускается белуга Huso huso, резко упала доля севрюги и постоянно растет доля стерляди [4, 7, 54]. Основные причины разрушения экосистемы Азовского моря — увеличение солености из-за сокращения стока рек, химическое загрязнение и распространение инвазивных видов — гребневика Mneopsis leidyi и пиленгаса Liza haematocheilus в 1990-е гг. [15]. В настоящее время численность пиленгаса в Азовском море многократно сократилась [2].